總分公司所得稅合并申報要按總分公司實際盈利來計提，即申報所得稅時需以總公司的100元來計提。 合并申報所指的是，總公司和分公司之間在申報所得稅時可以直接合并納稅，此時由總公司作為稅種主體，全部登記到總公司稅務登記號下，完成報稅登記，申報所得稅，繳納稅款。總公司會按實際盈利100元來計提所得稅，另外的分公司的虧損不計入計稅范圍，只需單獨核實，獨立確定其虧損情況，不影響總公司所得稅合并申報。 在實際的科稅管理中，推行的是企業分支之間的所得稅合并申報和獨立核算。合并申報是指交納稅款的實體把全部稅負合并登記，分支機構申報所得稅時，直接把負稅責任轉移給主管稅務機關，這種形式實行后，可以降低企業與主管稅務機關之間稅收管理的后勤工作和企業交納稅款的勞動力，提高稅收管理的效率。