是的，建筑公司農民工專戶的款可以以公司開勞務發票直接支付給勞務公司。根據中國法律，勞務報酬一般分為計件工資、時薪工資和包干工資，與勞動者簽訂勞動合同而形成的所有義務都應支付計件、時薪或包干工資。法律規定，勞務公司應按照勞動者簽訂的勞動合同，以發票形式，向雇主收取勞務報酬。因此，建筑公司可以直接向勞務公司開勞務發票，并使用其農民工專戶的款來支付相應的發票。 此外，為了保證勞動者的權益，建筑公司還需要做好勞務管理和支付等工作，需要定期確認勞動者的身份，并實現賬目核對和查賬等工作，以確保勞務報酬的正確支付。