農產品收購發票的抵扣情況取決于具體的收入來源。根據《企業所得稅法》第三十一條的規定，企業收入來源若可以提供有效憑證，則可以享受費用抵扣企業所得稅。農產品收購發票處于一般票據范疇，包含有完整的信息，以及發票的發起者、發票方可以提供的收入來源憑證，因此可以用于企業所得稅的抵扣。但是，如果農產品收購發票發起者未能提供具備有效性的收入來源憑證，那么就不能實行抵扣企業所得稅了。此外，還應該注意，發起農產品收購發票，必須依照《發票管理辦法》的規定進行辦理，包括發票方和收入方按照規定提供資料，保證發票的有效性，并及時繳納稅款。