水利基金專項收入的計稅依據是《中華人民共和國稅收法》，即根據《稅收法》第十條的“收取水利基金專項稅”的規定，其計稅依據為：按照公安水利稅收管理征收稅源所收取的有形、無形性質的收入，包括：（1）各種類型的水利稅收；（2）水利項目工程建設經營所得；（3）水利改革運行所產生的收入；（4）水利施工管理所得；（5）水利建設管理經營所得；（6）水利改革運行所產生的收入；以及（7）其他符合《中華人民共和國稅收法》規定的收入等。拓展知識：水利基金專項收入，是指中央和地方政府收入體系中，與水利建設、運行和管理相關的特殊財政收入，是政府水利基金的重要來源。