如果變更扣繳義務人，那么稅務申報系統會發生相應的變化，會對企業本次申報及之后的申報均有影響。根據稅收法律，對于企業的收入，通常是由扣繳義務人（經營者）來承擔稅收義務。因此，變更扣繳義務人，會影響稅收屬地確定，也會影響企業財務報表的準確性；此外，若變更扣繳義務人不及時，也可能導致以前征收的稅款未經報告或已經報告，但未及時歸還的情況。 如果變更扣繳義務人，企業需要重新確定稅收屬地，以確定應納稅收之稅種及稅率等。這也會影響到企業的期末報表的合法性，甚至可能與稅務機關報表上一致，從而導致一定的稅收負擔。拓展知識，當變更扣繳義務人時，企業應確保其稅收申報與法律法規一致，同時還要注意完成變更程序，如變更扣繳義務人后，應及時向稅務機關申請注冊登記或變更登記等，以免影響稅收申報。