如果往年申報填寫的農產品核定扣除時的單耗數量比稅局規定的填少了，可以通過調整或糾正的方式來解決。首先，可以嘗試與稅局溝通，申請補報相應的稅款，對報稅數據進行調整，而后稅局會確認調整結果，最后完成糾正。其次，可以在報稅申請表中填寫特殊情況說明，詳細闡述申報農產品核定扣除單耗數量比稅局規定填少的原因，并補充提供相關證據，以便稅局對申報數據進行審核。 此外，為了防止此類問題的再次發生，建議企業應加強內部報稅程序的管控和監控，確保報稅數據的準確性，有效避免由于數據填寫錯誤而導致的稅務糾紛。