是的，合格產品所支付的加工費需要扣除超額報廢品材料成本。超額報廢材料是指企業在生產過程中由于定額報廢量超出或者由于特殊原因而報廢的材料，如質量不合格或過期材料，它屬于企業生產成本，也就是說超額報廢材料成本應該從本月加工費中扣除，才能讓生產成本更加合理控制，降低企業利潤水平。 此外，企業在進行生產的時候，應該加強對報廢材料的管理，及時發現報廢問題，對報廢原因進行記錄，并采取有效措施，有效降低超額報廢材料成本。另外，企業還應當加強與供應商的溝通，盡可能提高原料的質量，降低生產浪費，減少超額報廢材料成本。