高新企業(yè)匯算清繳填報，首先實行登記注冊，由企業(yè)擁有者或其代理人填寫申報表并拼裝相關材料，申請登記注冊。其次填寫報表，向稅務機關提供企業(yè)相關的財務資料，填寫匯算清繳專用表格，進行稅款匯算清繳，填寫稅務機關要求的相關記錄表格。最后，根據(jù)稅務機關要求進行匯算清繳，按時繳納應稅款物，如個人所得稅等相關所得稅，對繳納的款物登記，并在完成匯算清繳后申領相關憑證，完成匯算清繳的相關過程。 除了登記注冊、填寫報表、匯算清繳以及申領憑證等步驟外，企業(yè)在辦理匯算清繳還需要涉及到申請抵扣、核對報表、申請補助、查驗稅款單證等步驟，辦理前要搞清楚這些稅款到底應如何計算，以及應放在哪些稅款單證中。另外，根據(jù)國家稅務總局規(guī)定，企業(yè)在辦理匯算清繳前還要準確定位稅款負責人，由稅款負責人負責配合機關完成匯算清繳程序。