對于公司扣除的工會經費在申報個人所得稅的時候，根據《個人所得稅法》的規定，這部分費用不能被稅前扣除。《個人所得稅法》規定，被稅前扣除的支出，必須是個人在參與了經濟活動后，直接發生的支出，而公司扣除的工會經費，是政府和企業在就業市場建設中簽訂的協議，屬于宏觀調控支出，不能被稅前扣除。 此外，由于工會經費的扣除不屬于個人所得稅專項扣除，而是企業社會責任支出，因此這部分費用在納稅申報時是無需報告的，也就是說，稅法并不要求納稅人把公司扣除的工會經費申報出來，不論申報出來還是不申報出來，都不影響納稅人從稅務機關領取稅款減免。