根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》第三十四條第八項之規定，購買農業生產用的物品所開具的發票，其稅率不得超過九％，也就是說，農民出售的樹苗和北京生態有限公司出售的草籽和樹苗，開具免稅的增值稅普通發票，兩者都可以按九％的扣除率計算抵扣進項稅。 同時，要求企業留存發票，以備稅務機關核查，而且，在做銷項稅稅率計算時，還會涉及到增值稅定額扣除及專票處理問題，因此，在進行銷項稅稅率計算時，企業必須有良好的內部管理制度，以確保發票真實，準確的做好抵扣稅金的登記和備案工作。 拓展知識： 增值稅定額扣除是指按照國家規定的定額標準，在不改變企業納稅義務和納稅能力的情況下，對企業購進貨物及勞務支付的稅款（即進項稅額）依法進行一定比例的減免，實現部分稅收減免的稅收優惠政策。其中，專用發票主要用于銷售和服務出口、出口進口業務、免稅及不征收增值稅、集體福利性消費以及政府采購等業務，適用的稅率為0%。因此，企業主要依據發票的類型來判斷是否可以按照9%的扣除率計算抵扣進項稅。