負數發票的出現一般意味著有出現負數進項稅額。在使用負數發票時，其實是你報送的期初稅額跟上一月的稅額以及實際發生的稅額不一致，而出現了負數發票來校正上個月的稅額。申報時需要把上月的稅額和實際發生的稅額全部轉出去，然后在新月份的發票中，把負數發票的稅額轉入，核算出新的發票的稅額，方可申報當月期末稅額。此外，除了正常發票中的增值稅外，減免稅收政策也需要通過負數發票的形式來核算減免的稅額，此時也需要把減免稅額通過負數發票轉入，從而核算出新的發票的稅額，確保申報時期末稅額的準確性。