雖然企業辦理了留抵退稅，但仍然可能會受到稅務稽核。在企業出口商品，收取抵扣稅款，申請留抵退稅時，國家稅務稽核機構可能會對企業進行抽查和審核。原因可能是： 1.貨物出口時間長，審批手續不完備，未按時申請留抵退稅。 2.發票等憑證，稅金使用情況存在欺詐行為，導致企業在申請時犯有偷稅漏稅行為； 3.商品類型，數量及面值出口不符合實際情況，利用出口抵扣稅款； 4.填寫留抵退稅申請表時，企業填寫的財務資料虛假，以及賬戶等金錢使用情況不合理。 以上幾種情況，都可能會引起稅務機關的注意，并進行相應抽查和稽核。在此期間，企業可以向稅務機關提供準確的所有憑證和財務資料，以有效減少稽核的結果。另外，企業還可以利用有效的稅收管理軟件或稅務籌劃等方法，以更好的管理企業的稅務事務，降低稅收風險，提高企業效益。