一個員工的工資分兩個公司發放，應當根據個稅政策分別發放。具體而言，納稅人在申報個人所得稅時，應根據稅政策分別向兩個公司申報，而不是合并在一個公司申報。因為每家公司的稅率、稅收基數可能不一致，且一家公司的一次性收入也可能超過某個限額，而另一家公司不會，這樣就可以起到優化稅收的作用。同時，納稅人還需要主動了解公司的稅收優惠政策，以獲得更多的稅收優惠。拓展知識：在申報個人稅收時，納稅人還可以申請稅收優惠，包括起征點、子女扣除教育費用等，以期節稅。