是的，公司之間可以開具代收協議。這種三方協議開票方式是屬正常正當的收款交易方式，合法有效。按照協議約定，甲方負責從乙方收取有關發票收入，并將收取的費用全部或部分支付給丙方，其中的代收款是丙方的一種報酬。由此可見，雙方能夠相互滿足其需求，符合三方的利益，也是一種合理的做法。 此外，代收協議的雙方還應當注意發票的有效性，以及發票的稅收率、報銷等方面的事宜，否則會影響到稅收和賬務記賬的正確性。另外，由于認證證明書等相關文件的不一致，可能會產生一定的稅收影響，因此雙方也應該注意此類問題。