如果已抵扣的進項發票丟失，就需要按照稅收法規的要求辦理完全補扣稅款。首先，申報人或者代理人應當就抵扣稅款處理情況及時向稅務機關報告并書面確認，然后依據稅收法規的要求，重新報送抵扣申請表、重新審核抵扣資料、重新報送抵扣申請稅收憑證、重新報送進項發票（若重新獲得）等。最后，應由稅務機關審核審批才能正式完成補扣稅款。 一般而言，購貨方在補扣稅款的過程中，要嚴格按照稅務機關規定的程序進行操作，并配備與發票補扣有關的資料。有效的建立抵扣系統可以有效防止發票丟失，降低后期補扣稅款繁瑣環節，減輕稅務機關和申報人的負擔。