根據《中華人民共和國印花稅法》的規定，印花稅的納稅范圍包括貼現收取的利息、股息，以及收取的代理費。 所以，作為本公司的縣級代理，在收取的5000元代理費中，應當繳納相應的印花稅。 關于印花稅的征收還要看收取的代理費是支付給什么級別的人，收取的代理費是否實際履行了代理人的義務。因為印花稅的稅率不同，如果符合一定條件，可以減免相應的印花稅。 此外，印花稅是一種非征稅率，而不是征稅率，意味著收取的印花稅不可以用來申報稅收減免，記入稅收帳戶。 同時，受理印花稅納稅義務的經辦機構一般為地稅，因此，申報繳納印花稅的納稅人，需要向市級的地方稅務機關提出申請，進行申報繳納。 總之，成為本公司縣級代理，收5000元代理費，是需要繳納印花稅。繳納印花稅的稅率、是否可減免以及申報繳納的經辦機構等都有很多情況可以考慮，這些要根據實際情況來決定。