企業注銷時，法人借款在其他應付款科目的余額需要處理。首先，注銷前企業應當核對借款人的賬戶余額，確保借款有實質收回，并應當根據借款人的還款能力及財務狀況靈活訂立借款協議，盡量縮小借款的余額。其次，該借款在企業注銷的過程中會計分錄的安排也是非常重要的，在企業清算的過程中，應當將借款余額充分抵消企業的應付款，從而保證企業的結轉清算工作的順利進行； 最后，也要根據企業清算的實際情況，認真完成相關的記賬憑證，審核財務報表，確保把握財務賬目的真實性，符合政府有關法規要求，同時也要按照貸款協議簽訂時的約定，減少借款余額帶來的負面影響。 拓展知識：在企業清算過程中，應當將全部現有財產作為通用性資產，實施企業分散風險、分配債務，支付全部有效債務，并最大限度地滿足盡職調查要求。