善意取得虛開發票的處理，一般要按照國家規定的流程進行處理。首先，商家需要核實其發票內容，如果確認其發票是虛開的，需要立即向稅務機關申報虛開發票，并且負責相關違法行為。 其次，商家需要向相關部門申報納稅，提供虛開發票的相關證明，如果拒絕納稅，可能會受到處罰。最后，商家要提供與發票的相關證明，并上報稅務機關以作為發票審核的證據。 另外，在拓展知識方面，虛開發票是指為做虛假發票而利用現有發票經常存在的現象，這會導致增值稅、企業所得稅等損失。因此，對于善意取得虛開發票，商家要及時向稅務機關申報，并做好相關手續處理，以保障自身的權益不受侵害。