船舶運費收入扣除加油費，應按照財務會計準則及相關稅法條款進行記帳。首先，將運費收入以現金流量表的形式記錄，把收到的現金登記在收入科目的應收現金中；其次，將支出的加油費，按照“現金支出→辦公費和管理費→加油費”的順序，記錄在費用科目的應付現金中；最后，運費收入扣除加油費，則應收現金減少相應金額，應付現金增加相應金額。 拓展知識：船舶運費收入不僅可以扣除加油費，還可以扣除進入港口的港口稅、水上運輸工具使用費、水上安全費、運輸服務費等，以減少最終的所得稅負。