首先，甲公司在購買材料并支付材料商時，可以直接要求材料商開13%增值稅專用發票（該發票項下未付稅額除外），以及甲公司的稅號。 其次，甲公司在乙公司支付工程款時，也可以要求乙公司收到13%的專用發票，并將乙公司支付的專用發票和材料商開具的發票一并登記，使得乙公司可以回籠稅款，以及甲公司得到減免稅款。 最后，甲公司可以在納稅申報時抵扣材料商開具的專用發票，以及乙公司支付的專用發票，從而減免稅款。 此外，甲公司也應提醒乙公司上繳增值稅，乙公司在甲公司購買材料并支付材料商時，乙公司可以抵扣增值稅。