根據《中華人民共和國印花稅法》的有關規定，擁有運輸發票的公司，需要交納運輸合同印花稅。因此，您公司有運輸發票進項，就應當交納運輸合同印花稅。 運輸合同印花稅是一種稅收，根據《中華人民共和國印花稅法》的有關規定，只要涉及貨物運輸的相關合同，不論該合同買方或賣方，都有義務向稅務機關申報交納印花稅。因此，如果您的公司不交納運輸合同印花稅，就會受到處罰。 此外，申報和交納運輸合同印花稅的時限也需要注意，根據《中華人民共和國印花稅法》，在開具運輸發票后3個月內，即應當申報和交納印花稅。如果超過3個月，稅務機關將依據《中華人民共和國印花稅法》的有關規定，按違約處理，并責令補繳相應的印花稅。 綜上所述，擁有運輸發票的公司，需要交納運輸合同印花稅，且要注意申報和交納時限，以免超出稅務機關處理時限， 造成違約行為，受到處罰。 拓展知識： 印花稅是國家出臺的一種較低稅率稅收，一般用于征收收入較少的單據，如保險、貸款、債務和其他類似協議。印花稅在全國范圍內統一實行，稅率也是比較統一的，一般都是在0.2%至0.3%之間，只有少數特殊情況需要稅率更高。