有不能抵扣的專用發票，應該在認證系統里勾選認證不抵扣，這樣系統就不會認為發票可以抵扣，那么淘寶或京東開的那些不能抵扣的發票就可以安全的存在系統中，因為系統不會將其算入可抵扣金額。不過需要注意的是，這些不能抵扣的發票在系統中也需要進行認證，以便查看發票的正確性、完整性以及發票的供應商信息等。 拓展知識：發票是商業企業和組織機構出具的結算憑證，它能夠在稅收認可條件下減免納稅人的稅收，納稅人可以在收到發票后將其作為稅收減免申請的憑證。發票包括專用發票和普通發票，其中普通發票是可以用來抵扣的，而專用發票由于發票數據的不完整，一般不能用來抵扣，只能作為憑證存在。