小規模納稅人季度開票超過45萬的，應當按超過部分全額繳納，不能按45萬全部繳納。根據《企業所得稅法實施條例》規定，小規模納稅人每季度的月銷售額不足50萬元，可以按照5%的稅率計算；但當每季度月銷售額超過50萬元時，除去50萬元以內，超過部分按月銷售額總數的10％征收企業所得稅。因此，當小規模納稅人季度開票超過45萬的，其超過部分應當按月銷售額總數的10％征收企業所得稅。 拓展知識：根據《企業所得稅法實施條例》，每年總計超過30萬元的征稅對象，按照月銷售額每季度累計計算，按9或15%企業所得稅稅率征稅。但未超過30萬元的，按季度月銷售額累計計算，按5%企業所得稅稅率征稅。