當稅務局通知自查時，有關方面應該按照稅務機關的文件進行辦理。首先，應當盡快按照稅務機關的通知按照要求進行檢查，如果不明白文件中的要求，應當及時向稅務機關咨詢。其次，要根據稅務機關的檢查要求，對公司的管理狀況、財務狀況、會計核算等方面進行檢查，逐項完成文件上的要求。接著，要及時向稅務機關提交完整的材料，提供必要的說明文件，說明檢查事項。最后，按照稅務機關的要求做好檢查文件的存檔，以備查閱。 在自查過程中，企業可以采取多種措施來利用財務軟件和會計模型，管理和控制企業的財務狀態，以便稅務機關能夠獲得全面、及時、準確的信息，以作出正確的稅務決策。另外，企業還應定期審計財務報表，檢查企業財務狀況并及時反應到稅務機關，以便稅務機關能及時、正確做出決策。