應交增值稅科目的余額需要用于留抵退稅申報。具體來說，就是按照《企業所得稅實施條例》的規定，一般納稅人在準備報稅時，需要在報稅期內，將在當期應交增值稅科目的余額中的"本期可留抵退稅額"填到報稅表中。申報時，企業可以將當期可留抵稅額填到稅表中，由稅務部門進行核定，若核定結果為合法，即可用于留抵退稅。 拓展知識：根據《企業所得稅法》，企業在留抵退稅申報時，還需要提供進項稅額科目的余額的相關憑證，以證明企業當期的進項稅額已經計提并繳納，方可申報退稅。