建筑公司一般納稅人發票給甲方代發工人工資和乙方自己發工人工資區別在于: 1、從發票開具形式上看，甲方代發工人工資，一般是由建筑公司一般納稅人開具發票，這一發票可以在甲方的財務部門開具，但是在乙方自己發工人工資的情況下，乙方自己提出稅收憑證，由乙方本人開具發票，乙方可能是一般納稅人也可能是小規模納稅人，不一定。 2、從稅收扣除的角度上看，甲方代發工人工資的情況下，建筑公司一般納稅人在入賬當中已經扣除了稅收，而乙方自己發工人工資情況下，由乙方自己完成稅收扣除工作，需要在乙方財務管理中實施嚴格管理，以確保履行納稅義務。 拓展知識：建筑公司一般納稅人在開票給個人代發工資時，有責任及時將工資補貼、獎金等發放給工人，并及時向國家稅務機關申報繳稅，這就要求建筑公司一般納稅人要遵守發放工資的規定，做到合理、準確的工資發放，以保障工人的權益。