企業開具3%的專用發票，需要繳納的稅款包括：銷售稅、營業稅和增值稅。銷售稅是指銷售方向購買方收取的稅款，比例為3%，由購買方向銷售方支付；營業稅是指企業在銷售產品或提供服務時繳納的稅款，比例為3%，由企業自行繳納；增值稅是指企業在銷售產品或提供服務后應繳納的稅款，比例為3%，由企業自行繳納。 以上三項稅款需要企業進行分類繳納，且要及時繳納。若企業未及時繳納稅款，將承擔相應的處罰，例如按照相關法律法規被罰款或責令補繳稅款等。 拓展知識：專用發票可分為標準發票和專用發票。標準發票是指具有固定比例稅率的發票，如17%的普通發票；專用發票是指實行稅率分類管理的發票，例如13%、17%和3%等稅率的發票。只有符合條件的企業方可開具專用發票，否則將受到相應的處罰。