土方工程應繳納的稅種有：1. 增值稅。增值稅是指在貨物或服務生產、流通和消費過程中，因發生增值而產生的稅收的總稱，土方工程企業在建設過程中，除了收取工程項目總價外，還要繳納增值稅；2. 施工稅。根據《中華人民共和國稅收征收管理法》，施工稅是由施工企業根據實際收取的施工費按照稅率繳納給政府的稅種，以土方工程為例，施工企業應將工程實際金額繳納作為施工稅；3. 房產稅。根據《中華人民共和國房產稅法》，在新建、擴建、改建、拆遷的建設工程中，其耕地、城建費、建筑安裝工程、拆遷補償費等以相關文件確定的價款，應由建筑工程企業按照房產稅法的規定，繳納房產稅。 拓展知識：稅種不僅僅有上述三種，還有營業稅、個人所得稅等，各類型稅收均起到了稅收征管的作用，從而有效防止侵占公庫，保護公眾利益。