全電子發票與電子發票的區別在于存儲和傳輸的形式不同。全電子發票使用統一發票報文格式，采用數據庫存儲方式，原始發票報文在統一發票規范的前提下，以中央統一服務器的形式存儲，發票的獲取、作廢、修改均要經過中央服務器來完成，傳輸方式采用安全可靠的網絡，同時防止發票人和收票人之間無意中遭到竊取而允許被盜刷。而電子發票以文檔證書的格式存儲在客戶端，發票的傳輸和獲取可以使用網絡形式，也可以使用光盤、U盤等多種方式分散存放，這種發票本身主體是被票方，發票內容是來自被票方內部發放的發票，存在安全隱患。 拓展知識：數字發票是新一代的稅收信息化的創新應用，它以多媒體證書的形式作為發票的存放媒介，以具有可讀性、可檢驗性、復位性和可攜帶性等特點，來取代紙張發票，使發票信息更加安全可靠，同時有效可控、拆分易查，為稅收信息化發展注入新的動力。