在注銷分公司時，可以將分公司的研發支出并入總公司賬戶研發科目，但是需要根據實際情況辦理，確保賬目合法、透明。此外，對于研發科目而言，根據會計準則及稅法，有些研發科目需要按照一定比例繳納稅款，有些研發科目可以免征稅款，因此，在繳稅時，需要根據分公司相關稅法規定進行繳稅，不能擅自調整稅收條款，這樣會造成大量不必要的經濟負擔。另外，如果把分公司的資金歸還給總公司并未繳稅，這會給總公司帶來財務風險，以及增加審計的難度，因此，在注銷分公司過程中，一定要引入專業的會計師、稅務師，確**程合規安全。