是的，醫療器械經營許可證需要注銷。根據《醫療器械管理條例》，醫療器械生產實體、經營實體被注銷的，相應的醫療器械生產許可證、經營許可證均需注銷。特別是，當該公司停止生產、經營醫療器械后，需要申請注銷。注銷程序主要為：1、當事人向其主管機構提出書面申請。2、主管機構根據實際情況，完成經營許可證的檢查和審查，發放注銷證書。3、申請注銷的實體，需要負責將原有的經營許可證、其他相關證件一并退還主管機構。 拓展知識：醫療器械經營許可證是經國家藥品監督管理局批準，具有一定法律效力的憑證，主要用于證明企業有權進行醫療器械經營活動，是企業營業執照的重要補充，也是進行醫療器械生產或經營活動的前提。申領經營許可證時，申請單位要向醫療器械監管部門提供資質材料，并繳納相關費用，經審核批準后，方可簽發證件。