增值稅專用發(fā)票丟失的處理方式如下： 1.申請補(bǔ)開。在稅務(wù)機(jī)關(guān)門前申請補(bǔ)開，并對發(fā)票信息真實(shí)性，用途，數(shù)量完整性履行責(zé)任。 2.辦理發(fā)票遺失手續(xù)。納稅人申請補(bǔ)開發(fā)票失敗或者未辦理補(bǔ)開手續(xù)的情況下，可以前往當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)辦理“發(fā)票遺失核銷手續(xù)”，獲準(zhǔn)可以在稅務(wù)機(jī)關(guān)的網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)中做取消注銷核銷處理。 3.做進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出。對于進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出，要按照入－出稅比例計(jì)稅，通過出口扣稅計(jì)算，出口貨物的稅額減去轉(zhuǎn)出的稅額，以獲得出口扣稅后的稅額，但要確認(rèn)特殊項(xiàng)目是否有抵免等處理。 拓展知識：增值稅專用發(fā)票是國家開具的稅務(wù)機(jī)關(guān)管理的專用單據(jù)，具有記載納稅義務(wù)人增值稅收入及減損情況的重要性?？梢杂糜诩{稅人減稅，節(jié)稅或抵扣等稅收優(yōu)惠政策，也可以作為結(jié)算發(fā)票使用。