是的，通行費電子普通發票可以在增值稅認證系統中認證抵扣。電子普通發票一般包括服務、租賃、加工等貨物或者勞務，可以用于納稅人計入財務收入，抵扣增值稅稅收。納稅人可以在增值稅認證系統中，申請通行費電子普通發票的認證抵扣，從而獲得增值稅抵扣權。 具體操作步驟為： 1. 納稅人進入登錄后的增值稅網上認證系統，點擊【增值稅稅收補貼認證抵扣申請】，然后點擊【普通發票】，在彈出的菜單里選擇【認證抵扣申請】； 2. 此時網頁顯示【認證抵扣申請】，在發票類型中選擇【電子普通發票】，點擊【下一步】； 3. 填寫發票信息，包括發票代碼、發票號碼，發票種類、發票金額、開票日期、抵扣金額等； 4. 按照提示上傳電子普通發票PDF，完成本次增值稅認證抵扣申請； 5. 如果申請通過，增值稅網上認證系統會顯示本次認證抵扣申請成功，從而獲得增值稅抵扣權。 拓展知識：增值稅稅收補貼認證抵扣是指在納稅人發生采購、銷售或服務等環節，納稅人依照稅收管理部門的有關規定，在增值稅網上認證系統中，憑認證的稅收補貼發票、支付收據等，向稅收部門申請取得電子發票認證抵扣權，從而獲得增值稅抵扣權。