國稅系統打印資產負債表、利潤表和科目余額表的操作流程是：1.登錄國家稅務總局官網，進入國家稅務總局信息共享門戶，按照要求填寫納稅識別號和登錄密碼。2.登錄后，進入“財務會計信息管理”模塊，選擇“會計報表”功能，根據選擇的月份和報表類型，打印資產負債表、利潤表或科目余額表。3.若要下載報表，可以點擊“打印”按鈕，選擇“電子文檔”格式，下載相應文件。 拓展知識：資產負債表是企業財務狀況的一面鏡子，可以反映企業財務狀況，而利潤表則可以反映企業盈利情況，科目余額表顯示每一類科目下賬戶所有借貸發生額和余額。這三種報表都是企業會計體系中非常重要的報表，企業要根據國稅系統定時上報相應報表。