如果發生系統稅額與開票稅額差0.01的情況，有以下方法可以嘗試解決： 一、檢查財稅記錄以及系統配置：查看發生異常的單據位置，檢查賬單是否準確，確保系統設置正確。 二、檢查稅費定價和折扣：如果發現發票稅額與系統稅額差0.01，首先檢查是否存在稅費定價或折扣，以及這些稅費定價或折扣是否已正確配置。 三、檢查計算公式：確定稅率的計算公式是否正確，是否需要重新設置計算公式。 四、檢查軟件是否有問題： 若上述都無效，則測試財務軟件是否有報錯，檢查程序源代碼是否正確。 總而言之，發生系統稅額與開票稅額差0.01時，應該從稅費定價、計算公式以及財務軟件本身出發，查找問題并對應解決。此外，有的企業可以采用智能財稅系統，可以自動生成稅率，無需人工配置，從而極大的減輕企業的工作負擔。