代理記賬的會計公司所代理的企業注銷后，其代理的電子賬簿應當保存7年。根據《中華人民共和國會計法》第十五條規定，會計檔案應當至少保存七年。會計檔案包括電子賬簿，因此對于代理記賬的會計公司來說，需要保存其代理的企業注銷后電子賬簿，在這七年的期限內，這些賬簿需要保存完好，并且可以隨時提供查詢使用。 此外，在會計檔案的保管期間，應當注意防范火災、水災等災害，以及預防電磁干擾等其他機械因素的影響。對于電子賬簿的保管，還應當采取技術措施，確保賬簿的安全不受破壞，這需要會計公司建立完善的技術防范機制。