農機專業合作社的工會經費應通過電子稅務局申報。首先，需要檢查工會經費應否納入企業所得稅中的扣除范圍，并根據財務部門的要求作好賬目統計；其次，將工會經費錄入到發票管理系統中，按照發票格式開具發票；最后，在電子稅務局系統中進行登記，主要包括填寫和上傳工會發票、申報工會經費信息等，以完成申報。此外，有關工會經費的申報還需要對發票的真實性、準確性進行檢查。只有完全遵守上述步驟，才能完成農機專業合作社工會經費的申報工作。拓展知識：在申報工會經費時，要注意嚴格按照規定填寫稅收憑證，以確保申報信息的準確性和完整性，從而準確、快捷地完成工會經費申報工作。