抵扣聯和發票聯丟失情況下，可以憑賣方那一聯存根聯復印了加蓋公章，并提交一份說明情況的書面文件，以抵扣不得僅存根聯上聲明已付款的項目。首先，我們要根據發票中發票號、開票日期等信息，在會計賬簿里清楚核實丟失發票的記錄內容，以及支付的金額。其次，在賣方的聯存根聯復印件上進行加蓋公章，并作出書面說明，具體內容要包括：詳細說明發票和存根聯丟失的原因以及所抵扣項目的交易情況，如金額、貨物及其他相關信息。最后，在說明書面前加上雙方的簽字，以作參考。 因此，根據以上步驟，雖然丟失發票聯和抵扣聯，也可以拿出說明文件，加蓋公章并作出書面說明，以便完成抵扣不得已僅存根聯上聲明已付款的項目。 拓展知識：記賬憑證是一個會計交易的證明，它是由至少三張票據組成，即原始發票聯、抵扣聯及存根聯，這三張票據是會計記賬交易實質證據，它們非常重要，在會計核算中必須恪守以上三張票據的原則。