運輸公司開發票的基本流程為：首先，應當根據客戶的要求準備發票的必要材料，包括稅號、開戶銀行和賬號等信息；其次，應在稅務機關備案并領取發票領用證；第三，在稅務機關辦理入（出）庫手續，領取發票；最后，應在客戶支付運費后開具發票，并在應開票日期內向稅務機關申報交稅。 另外，隨著稅務機關正在不斷加強相關管理，各家運輸公司在使用發票時應當實行認真管理，尤其要重視發票的開具，內容的填寫、加蓋公司公章，以及未拋銷的發票的妥善保管等相關事宜。 拓展知識：運輸公司開具發票時，需要注意發票的稅種，比如增值稅發票以及普通發票，在開具發票時一定要注意合法原則，以及一些發票的使用規定，防止開具發票引起稅務機關的不良后果。