在公司出資與另一家公司合作開發專利的入賬，當事雙方應訂立合法合同記載研發過程中的本金出資、研發工作完成情況、分成確定、責任承擔、違約責任等事宜。當雙方出資研發方式應明確項目研發進度，并確定雙方出資比例、分成情況等事項；研發結果（也就是專利）屬于合作雙方所有，具體落實可根據合同協議約定；若對方公司不開發票，則應由雙方簽訂合同并提供收據作為有效證據，以確保賬實準確、支出合法有效。拓展知識：合作研發專利的入賬，除上述合同約定外，業務部門、財務部門應確定雙方合作的定金抵扣、期初結轉、出賬計提等財務政策，以保證賬務準確、資金流動順暢。