商貿公司退稅流程一般包括：首先申報和發票申請；第二，確認發票準確性并制作申請表；第三，向上級稅務及海關機關申報；第四，稅務機關辦理退稅手續；第五，按規定時間及辦理程序審核商貿公司的退稅申請；最后，由上級稅務及海關機關出具退稅憑證和發放退稅金額的現金。在商貿公司申請和辦理退稅程序期間，通常可以收到發票，但是要依照退稅憑證才能進行抵扣，而且因為退稅過程較為復雜，所以應該確保各項文件的準確性，避免一些不必要的麻煩。拓展知識：若商貿公司在辦理完退稅手續后，無法在規定期限內將退稅金額全額使用，可以向原稅務機關申請進行轉移，以便在其他部門使用。