稅務系統中將A公司的員工狀態由正常改為非正常會有影響的。首先，A公司的社保由A公司繼續繳納，直至公司收到有效的就業轉移通知書后，A公司才可以停止社保繳納，因此要給予A公司相應的補償。另外，A公司的個稅繳納也會受到影響，A公司仍需要按照實際工資繳納個稅，因此A公司也需要支付個稅。最后，B公司也會受到一定影響，由于A公司仍需要繳納個稅，B公司就需要將個稅重新申報，同時還需要補足A公司的欠稅費用。拓展知識：關于調動的稅務工作還應該注意繳納五險金，調動后，調動人應在一個月內向新單位交納社會保險費，新單位也應在一定期限內繳納五險金，否則將承擔相關的法律責任。