在合同中有約定品質保證協議，如果甲方品質判定不良，應該發給乙方一個處罰通知函，如果乙方未在通知函中約定期限內回復，那么甲方可以直接做扣款處理。但是，最好在處理之前，還要考慮雙方合同條款是否有禁止甲方直接做扣款處理的規定。如果有，則需要準備好能夠支持甲方做扣款處理的證據材料，并可以提前和乙方協商，在進行扣款處理之前，先簽訂關于扣款事宜的補充協議，這樣在甲方進行扣款處理時，乙方就不可能提出異議了。拓展知識：此處可以引入商法學中合同中的效力問題，根據《合同法》規定，只有當合同具有足夠的經濟價值，當事人之間有實質性的交換，才可以構成有效的合同。