建筑公司甲方支付給乙方職員的工資，甲方已經繳納了個人所得稅，乙方需要做的就是申請繳納營業稅。首先，乙方應根據有關法律法規申請繳納營業稅，在繳稅前，乙方應當準備好相應的發票、收據、專用發票等財務憑證。其次，乙方需要根據有關法律法規的要求，將納稅申報表和必要的財務憑證一起提交到稅務機關，繳納營業稅。最后，乙方應當定期向稅務機關申報營業稅，確保繳納的營業稅正確無誤，避免潛在的風險。 拓展知識：在申報營業稅時，乙方應當了解和遵守有關稅收減免政策和稅務優惠措施，以降低繳納營業稅的費用。如果乙方有關于營業稅的疑問，應及時向稅務機關查詢，以避免造成不必要的損失。