答案是肯定的，甲公司仍需支付尾款。若甲公司將設備轉讓給乙公司，乙公司有義務支付所有設備貨款，不管付款進度是否到90%，乙公司須另行付清貨物貨款。乙公司支付的貨款用于抵消甲公司交付貨物貨款，但是不包括尾款，因此甲公司仍需支付尾款，以完成貨物貨款。 此外，一旦甲公司轉讓設備給乙公司，甲公司就背負了與設備質保期相關的責任。因此，在質保期內，任何問題由甲公司承擔，乙公司都不需承擔責任，不管貨款支付到多少程度。此時,乙公司仍需支付尾款，否則支付的貨款不算完成購買全部設備的貨款。 總而言之，無論乙公司是否已經支付貨款到90%，乙公司仍需支付尾款，否則甲公司將不能完成貨物貨款支付，也不能滿足設備質保期的責任要求。