快餐店的免稅金額為三萬，但是發票開超額了，但是并沒有扣超額的稅費。這是因為發票沒有統一的發票準則，有些商家也有可能不管開超額發票都是按照三萬元免稅，這也是發票存在漏洞的地方，所以只能按照免稅金額來申報稅費。另外，稅務部門也會按照稅收管理條例，有時會深入核實有可能存在超額發票稅費的情況，如果有發現一定會給予處理。 拓展知識：此外，我國稅收還設定了“集中發票制”，即發票金額超過某一定額度時，必須按集中發票制，申報稅費，以便協助稅務部門完成監管工作。例如，工商注冊登記的價款超過10萬元時，必須按集中發票制開具發票，而不能拆分開具多張發票的。同時，也要注意核查發票的真偽，以免發生發票造假等違法行為。