是的，小規模納稅人購入一批農產品取得普通銷售發票，注明買價1000元，可以抵扣進項稅額。根據《中華人民共和國企業所得稅法》第十六條規定，企業可以按照稅務機關規定的稅率和計算方法，從應納稅所得額中扣除進項稅額。