對于總公司代分公司付款，對方開具發票是分公司名稱，總公司可以入賬的情況，主要要看發票的內容是否能夠證明這筆費用是用于總公司的生意活動。如果發票明確指出是用于總公司的生意活動，那么總公司可以入賬。但是，由于有許多其他因素，比如公司政策等，如果總公司有任何其他特定要求，那么可能還需要經過證明或審核，才能被入賬。 稅務知識拓展：當一家公司代表其他分公司付款時，它所支付的稅款不應該由原始分公司所承擔，而應由代付公司承擔。根據稅收規定，如果以上款項被人所支付的稅收屬于從代付公司支付的稅收，那么代付公司應該對此開出專用發票，而不應該由原始分公司開出發票。