處理這種情況時，控股公司和子公司可以根據雙方的實際情況，可以簽訂一份補充協議來彌補控股公司支付的費用。補充協議內容應當包括子公司承擔的費用金額，及時間表等內容，內容清楚明確的確保雙方的權利義務。 此外，為了節約成本，控股公司可以和子公司協商，在補充協議中規定子公司可以以服務或成果形式抵扣控股公司支付的費用，滿足雙方需求，降低費用開支，也是一個好的解決方案。 拓展知識：補充協議又稱為備忘錄、補償協議，是由兩個或多個當事人簽署，補充原有合同條款和條件或增加新的條款和條件的書面協議。補充協議對一般合同有改善和完善的作用，可以增加、改變或限制原合同的條款。