小規模納稅人第三季度50萬增值稅申報表填寫需要按照以下步驟進行： （1）填寫申報表格上的其他信息，包括納稅人名稱、納稅人識別號、財務期結束日期等。 （2）填寫本期應納稅額明細表：在每一欄中分別填寫應稅項目的稅率、應納金額、減免金額和本期應納稅額等。 （3）根據附表1確定本期銷項稅額，在申報表上填寫本期銷項稅額的合計額。 （4）在申報表上填寫本期進項稅額。 （5）填寫差額稅額：本期應納稅額減去本期銷項稅額和本期進項稅額之后，得出本期應補（退）稅額，在申報表上填寫本期應補（退）稅額。 （6）對申報表上填寫的信息進行核對，進行核算審核后提交稅務機關備案。 以上就是小規模納稅人第三季度50萬增值稅申報表填寫的步驟。需要注意的是，在填寫申報表的同時，要按照稅務機關、財務期結束日期等規定的時間提交稅務機關申報和備案，以保證稅務歸集的準確性和及時性。此外，在申報表的填寫和提交中，要注意記錄每一步的審批和簽字，以便在今后的稅務審計中查閱。